Según el Diagnóstico del Patrimonio Cultural del MOP (2010) este cementerio es de origen hispánico y tiene una data de existencia del año 1810. En ese año, estaba a cargo de la Misión de San José la Orden Franciscana, cuando la misión aún se encontraba ubicada cercana a los terrenos del cementerio, lugar donde la habían fundado anteriormente los misioneros jesuitas. En el año 1953, el Vicariato Apostólico de la Araucanía, cede el cementerio a la Ilustre Municipalidad de Mariquina.
